学科总体目标是：在“十五”学科建设的基础上，“十一五”期间充分利用现有条件，发挥水资源与水环境学科群科研优势，在科研方面积极与相关单位进行学术交流与合作，努力争取国家级、省部级、地方政府和企事业单位的科研课题，做好国家自然科学基金、国家重大支撑项目、山东省自然基金、山东省中青年科学家奖励基金和山东省科技攻关项目等的申请工作，争取达到科研经费1200万元以上，其中纵向经费超过450万元，横向经费超过750万元以上。在 “十一五”期间，在高水平核心期刊发表论文180篇以上，并争取获得省级以上的科研奖8项，取得标志性成果4项。科研经费主要的努力方向包括：
1.发挥水生态与水环境研究方向科研优势，积极争取科研经费。“十五”期间，本方向的研究已完成20余项科研项目，取得显著的科研成果。“十一五”期间主要在水化学特征及形成机理、水环境演化规律及其控制或影响因素、地下水环境中污染物迁移转化、水体富营养化、失衡水生态系统修复技术及地下水系统油类污染形成机制等方面争取科研项目，努力实现科研经费350万元，其中级纵向课题经费150万元，横向课题经费200万元。争取获得标志性成果1-2项，发表学术论文60篇以上，其中SCI、Ei等收录10篇以上。
2.强化水资源可持续利用研究方向的学科队伍建设，以3S技术为支撑，突出研究特色，为区域水资源合理利用提供科学数据和决策依据。“十五”期间，本领域的研究工作已形成稳定、明确的研究方向，完成30余项科研项目，获得多项国家级、省部级等科技成果奖。“十一五”期间主要争取在水资源系统开发利用理论与技术、地下水系统水量水质耦合模型、水资源环境经济管理模型、水资源可持续利用模型、节水理论与技术等方面科研有较大突破，预计获得科研经费380万元，其中级纵向课题经费150万元，横向课题经费230万元。获得标志性成果1-2项，发表学术论文60篇以上，其中SCI、Ei等收录10篇以上。努力在节水理论与技术方面实现技术产业化，为社会经济发展做出积极贡献。
3.加强水资源系统规划理论与技术方向的研究条件建设，积极参与地方经济建设，为水资源合理开发、优化配置、高效利用、有效保护和综合治理提供科学依据。本方向基础扎实，成果丰硕。“十一五”期间主要争取在现代化水网理论体系研究、计划用水动态管理模型及应用、城市水资源分配管理模型、地表水与地下水联合调蓄模型、水资源规划技术方法分析等方面取得科研成果突破，
获得科研经费280万元，其中纵向课题经费100万元，横向课题经费180万元。获得标志性成果1-2项，发表学术论文60篇以上，其中SCI、Ei等收录10篇以上。
为保障上述目标的实现，拟采取以下措施来保障：加大高水平人才引进力度，争取在“十一五”期间引进一定数量的高水平研究型人才；在学科内部实行竞争上岗；增强服务社会意识，努力为经济建设做出积极贡献。
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